Die Kleine Heidekrauteule besiedelt Heiden, Moore Kiefernwälder und Sandfluren mit Beständen von Heidekraut.  Im Gegensatz zu anderen Heide-Faltern besitzt sie die größte Anpassungsfähigkeit und die geringste Bindung an klimatische Standortfaktoren. Vor allem in Gebieten mit nur kleinen Calluna-Vorkommen ist sie allerdings durch Aufforstung, Sukzession, landwirtschaftliche Intensivierung und Überbauung gefährdet. Die Falter sind vorwiegend dämmerungs- und nachtaktiv, können aber auch tagsüber bei Blütenbesuchen beobachtet werden.

Charakteristisch für die Raupen der Kleinen Heidekrauteule ist die hellgelbe, dunkel eingefasste Rückenzeichnung. Als Jungraupen sind sie noch tag- und nachtaktiv, nach der Überwinterung leben sie versteckter und fressen vor allem nachts. Die Verpuppung erfolgt in einem leichten Kokon in der Erde oder zwischen Pflanzenteilen.