Der Klappertopf-Kapselspanner ist eine ursprünglich weit verbreitete und häufige Art, die nahezu jeden Standort mit Vorhandensein von Klappertopf als Lebensraum nutzen kann. So vermag die Art auch relativ kleine und zerstreute Klappertopf-Bestände in Grünlandgebieten zu nutzen. Allenfalls geschlossene Waldgebiete und intensiv landwirtschaftlich genutzte Flächen werden nicht besiedelt. Da jedoch Magerwiesen und Brachen mit Klappertopfbeständen immer weniger werden, ist auch diese häufige Art bereits stellenweise stark bedroht. Die Flugzeit ist eng mit der Blühphase der Raupennahrungspflanze verknüpft und schwankt daher je nach Höhenlage beträchtlich. Die Falter sind tag- und nachaktiv und lassen sich von ihren Ruhestandorten leicht aufscheuchen. Die Weibchen können in den späten Nachmittagsstunden gut bei ihrem Suchflug nach geeigneten Eiablagepflanzen beobachtet werden.

Das Weibchen legt die Eier an Blütenknospen des Klappertopf, die kurz vor dem Aufblühen stehen. Die Raupen weisen ein etwas madenartiges Aussehen auf, das charakteristisch für alle Kapselspanner ist und verbringen die gesamte Larvalzeit in den Fruchtknoten bzw. Samenkapseln ihres Klappertopfs, in der sie sich von reifen Samen ernähren.