Der Bergheiden-Johanniskrautspanner besiedelt vorwiegend das Hügelland und Mittelgebirge und fehlt oft in tieferen Lagen. Durch den rötlichen Fleck an der inneren Querlinie sind die Falter zweifelsfrei von anderen Aplocera-Arten zu unterscheiden. Bevorzugte Habitate sind Staudenfluren und Magerrasen mit Johanniskrautbeständen. Die Falter sind nachtaktiv, können tagsüber aber fallweise beim Blütenbesuch beobachtet werden. Meist ruhen sie jedoch gut getarnt an Baumstämmen und in der Vegetation.

Die Raupen leben am Echten Johanniskraut (Hypericum perforatum). Die Jungraupen überwintern, im Frühling kann man sie an frischen Blatttrieben finden, in den Ruhephasen an oder unter den Blattknospen, an den Stängeln oder auch in der lockeren Erde. Viele Lebensräume werden etwa durch Beweidungsaufgabe und nachfolgende Verwaldung oder forstliche Eingriffe (Dunkelwaldwirtschaft) vernichtet. Aplocera praeformata ist aber insgesamt nicht allzu anspruchsvoll und daher noch nicht unmittelbar gefährdet.